Η ιδέα για τη δημιουργία ενός Ειδικού Λογαριασμού που θα βοηθούσε τις ναυτικές οικογένειες παρουσιάστηκε για πρώτη φορά σαν αίτημα το 1979 κατά τις συλλογικές διαπραγματεύσεις μεταξύ της Πανελληνίου Ναυτικής Ομοσπονδίας (Π.Ν.Ο.) και των Εφοπλιστικών Ενώσεων.

Τα τελευταία χρόνια και ειδικότερα από το 1990 και μετά, στον ΕΛΟΕΝ έγιναν τα παρακάτω βήματα:

• Μηχανοργανώθηκε η υπηρεσία.
• Εφαρμόστηκε σαν σύστημα πληρωμής η άμεση πληρωμή των δικαιούχων (μέχρι τότε οι δικαιούχοι πληρώνονταν μετά από μακρύ χρονικό διάστημα και σχημάτιζαν ουρές).
• Εκπαιδεύτηκε το προσωπικό.
• Έγιναν συγκριτικές μελέτες για τα επιδόματα που χορηγούν άλλοι οργανισμοί στην Ελλάδα αλλά και στη Ευρωπαϊκή Ένωση.
• Τροποποιήθηκε και συμπληρώθηκε το π.δ. 213/83.
• Μπήκαν οι βάσεις για τη δημιουργία αποθεματικού κεφαλαίου του Ε.Λ.Ο.Ε.Ν. που τον καθιστούν μέχρι και σήμερα, έναν από τους πλέον οικονομικά υγιείς οργανισμούς στο χώρο της ναυτιλίας.
• Εφαρμόστηκαν νέες μέθοδοι οργάνωσης και λειτουργίας με την αξιοποίηση των νέων μεθόδων της πληροφορικής κ.ά.