Ο Ειδικός Λογαριασμός Οικογενειακών Επιδομάτων Ναυτικών συστήθηκε με το άρθρο 25 του νόμου 1085/1980 (Φ.Ε.Κ. 255 Α/6-11-1980) ως ίδιος και αυτοτελής λογαριασμός διανεμητικού συστήματος με σκοπό τη χορήγηση οικογενειακών επιδομάτων στους Έλληνες ναυτικούς (απαιτείται αλλαγή νομοθεσίας για τη χορήγηση του επιδόματος σε ναυτικούς των Χωρών Μελών της Ευρωπαϊκής κοινότητος).
Κατ’ εξουσιοδότηση του νόμου αυτού εκδόθηκε το π.δ. 213/1983 (Φ.Ε.Κ. 77 Α/17-06-1983), το οποίο τροποποιήθηκε και συμπληρώθηκε από το π.δ. 380/1994 (Φ.Ε.Κ. 213 Α/07-12-1994), σύμφωνα με το οποίο ο Ειδικός Λογαριασμός Οικογενειακών Επιδομάτων Ναυτικών είναι νομικό πρόσωπο δημοσίου δικαίου (ν.π.δ.δ.) υπαγόμενο στον έλεγχο και την εποπτεία του Υπουργείου Εμπορικής Ναυτιλίας. (άρθρο 1 παρ. 1 του προεδρικού διατάγματος 213/1983)
Η εν γένει λειτουργία του Ε.Λ.Ο.Ε.Ν. ανατίθεται στην Εστία Ναυτικών. Για το σκοπό αυτόν δημιουργείται στην Εστία Ναυτικών ίδιος και αυτοτελής Κλάδος στον οποίο ανατίθεται η μέριμνα και η ευθύνη για την εφαρμογή και λειτουργία του θεσμού των οικογενειακών επιδομάτων των ναυτικών (άρθρο 5 παρ.1,2,3,5 και 6 του προεδρικού διατάγματος 213/1983 όπως αυτό τροποποιήθηκε και συμπληρώθηκε από το π.δ. 380/1994).
Η εκτέλεση κάθε εργασίας και η διεκπεραίωση κάθε διαδικασίας που απαιτούνται για την οικονομική διαχείριση και την καταβολή των οικογενειακών επιδομάτων γίνονται σύμφωνα με τις διατάξεις του π.δ. 213/1983, όπως αυτό τροποποιήθηκε και συμπληρώθηκε από το π.δ. 380/1994 και τις αποφάσεις του Διοικητικού συμβουλίου του Ε.Λ.Ο.Ε.Ν., οι οποίες κοινοποιούνται στον Κλάδο Ε.Λ.Ο.Ε.Ν. για εκτέλεση.
Στην Εστία Ναυτικών τηρείται ίδιος και αυτοτελής λογαριασμός Ε.Λ.Ο.Ε.Ν., μέσω του οποίου κινούνται όλες οι εισπράξεις και οι πληρωμές του Ε.Λ.Ο.Ε.Ν.
Ο έλεγχος της οικονομικής διαχείρισης της Εστίας Ναυτικών από τα προς τούτο αρμόδια όργανα, περιλαμβάνει και την οικονομική διαχείριση του Ε.Λ.Ο.Ε.Ν.
Με κοινή απόφαση των Διοικητικών Συμβουλίων της Εστίας Ναυτικών και του Ε.Λ.Ο.Ε.Ν., που εγκρίνεται από τον Υπουργό εμπορικής ναυτιλίας, καθορίζεται μέσα στο πρώτο τρίμηνο κάθε χρόνου το ύψος της επιβάρυνσης του Ε.Λ.Ο.Ε.Ν., του προηγούμενου χρόνου για τη λειτουργική εξυπηρέτησή του από την Εστία Ναυτικών.
Το οικογενειακό επίδομα καταβάλλεται στους δικαιούχους σύμφωνα με το άρθρο 7 του π.δ. 213/1983, όπως αυτό έχει τροποποιηθεί και συμπληρωθεί με το π.δ. 380/1994, μία φορά τον χρόνο και για τόσες ημέρες όσες ήταν οι ημέρες ασφάλισης του ναυτικού κατά τον προηγούμενο χρόνο.
Οι παραγραφές των χρηματικών αξιώσεων των ναυτικών κατά του Ε.Λ.Ο.Ε.Ν. και αντίστροφα, ρυθμίζονται από το ν.δ. 496/1974 (Φ.Ε.Κ. 204 Α/19-07-1974) περί Δημοσίου Λογιστικού των Νομικών Προσώπων Δημοσίου Δικαίου.